Сериал "Врата Штейна" рассказывает историю компании чудаков, обосновавшихся в тесной комнатке над магазином в токийском районе Акихабара. Их предводитель — юноша, вообразивший себя гениальным ученым, борющимся с тайной организацией. К нему присоединяются хакер-фанат аниме и добрая подруга детства, работающая в кафе. Кажется, это просто игра, пока к ним не приходит настоящий научный гений — девушка, ищущая в этом хаосе место, где можно чувствовать себя дома.
Их безумный эксперимент с микроволновкой и старыми деталями приводит к невероятному — они случайно натыкаются на способ отправлять сообщения в прошлое. Первый восторг от открытия быстро сменяется ужасом, потому что каждое, даже самое маленькое изменение вчерашнего дня оборачивается непредсказуемыми и часто трагическими последствиями сегодня. Главный герой понимает, что играть в бога страшно, особенно когда на кону судьбы самых близких людей.
Сюжет превращается в тяжелую битву с последствиями своих же действий. Герой вынужден снова и снова проходить через одни и те же дни, пытаясь найти единственный верный путь среди бесчисленных тупиков. Это история не о фантастических технологиях, а об ответственности, дружбе и той цене, которую приходится платить за право что-то исправить.